Coenraad Jacob Temminck mô tả tỳ linh Nhật Bản lần đầu năm 1836,[3] với danh pháp Antilope crispa. John Edward Gray đặt danh pháp hiện tại của loài vào năm 1846.[lower-alpha 2] Pierre Marie Heude đề xuất nhóm và phân loài mới trong một hệ thống xuất bản vào năm 1898; Capricornis trở thành Capricornulus, nó bao gồm crispus, pryerianus, và saxicola. Hệ thống phân loại này đã không được chấp nhận.[2]

Không có bất kỳ hóa thạch nào của loài tỳ linh Nhật Bản được tìm thấy; vì vậy lịch sử tiến hóa của tỳ linh và mối quan hệ gần gũi của chúng với loài sơn dương Đài Loan (Capricornis swinhoei) là đầu mối nghiên cứu.[4] Cách phân loại hiện tại đã gọi loài tỳ linh là "hóa thạch sống".[5] Nghiên cứu nhân tế bào xác định đây là loài sớm nhất phân chia từ tổ tiên chung Capricornis.[6] Họ hàng gần của loài này là sơn dương Đài Loan (Capricornis swinhoei). Về mặt di truyền, có rất ít sự khác biệt giữa hai loài tỳ linh Nhật Bản và sơn dương Đài Loan; kiểu nhân tế bào của chúng về cơ bản là giống nhau: 2n=50, FN=60.[7] Sơn dương Đài Loan có kích thước nhỏ hơn và có lông ngắn hơn, lông có màu nâu, có một mảng lông trắng dưới cằm và họng.[8]

Capricornis là tổ tiên phát sinh các loài có đặc điểm gần giống với dê và cừu hơn là giống với bò nhà.[7] Thuật ngữ và tính trạng của đơn vị phân loại Capricornis không được giải quyết hoàn toàn.[1] Một số nhà nghiên cứu xem xét Capricornis là một danh pháp đồng nghĩa cơ sở của Naemorhedus,[2] một phân loại bao gồm các loài goral (Ban linh);[1] nhưng phân tích phân tử không chứng thực phân loại này.[9] Capricornis có răng nanh ngắn, trong khi đó loài Naemorhedus thường không có răn nanh.[2]

Ở Nhật Bản, tỳ linh được biết đến rộng rãi như hươu, mặc dù hươu và tỳ linh không cùng nhóm loài. Trước đây, từ kamoshika[lower-alpha 3] trong tiếng Nhật sử dụng ký tự Trung Quốc để chỉ shika, nghĩa là "hươu".[lower-alpha 4] Hiện nay, viết bằng ký tự Trung Quốc được dùng để chỉ "linh dương" hay "cừu".[lower-alpha 5] Đôi khi cách viết tỳ linh gây nhầm lẫn với lợn rừng.[13]